В 1716 году под руководством Ивана Буткеева (пленённого поляка, прижившегося в России и ставшего служилым человеком) началось строительство острога. С двух сторон он был защищён естественными преградами: Обью и Бердью и их высокими крутыми берегами, с которых хорошо просматривалась и долина Оби. С третьей стороны город был закрыт густым лесом. Так рождался Бердск.
В XIX веке Бердск представлял собой крупное торговое село, продолжая оставаться одним из сельскохозяйственных центров Западной Сибири. К началу XX века село Бердское – административный центр Бердской волости Новониколаевского уезда – сохраняло свою роль крупного центра переработки зерна, которое привозили из бассейна верхней Оби, охватывающего территорию нынешней Новосибирской области и Алтайского края.
Одним из самых ярких и значительных событий в истории Бердска стало строительство первой на Оби Новосибирской ГЭС, с которым связан перенос города на новое место. Из-за строительства Новосибирского водохранилища основная территория города оказалась в зоне затопления. Перенос из зоны затопления начался весной 1953 года, а завершился к 1957 году. На новую территорию было перенесено более 11 тысяч различных построек. В результате город был выстроен заново вокруг существовавшего района у железнодорожной станции в 8 км от старого местоположения. Говорят, когда по весне из Обского моря спускают воду и её уровень понижается, иногда можно увидеть верхушки затопленных домов старого Бердска.
Любимое место отдыха местного населения – Бердский залив. Искусственная бухта Новосибирского водохранилища образована в 1959 году. Длина залива составляет около 30 километров, а ширина в среднем 1,5 километра. В центре Бердска расположен городской сад – Парк культуры и отдыха. В парке регулярно проводятся различные творческие мероприятия и концерты, установлены аттракционы и детские площадки. В конце XX века по проекту архитектора П. Чернобровцева был построен Преображенский кафедральный собор Новосибирской и Бердской епархии.